City: Saint-Petersburg Kazan Language: Русский English

The analysis of molecular sequences (algorithms in Bioinformatics)
Kazan / autumn 2015, посмотреть все семестры

Enroll in the course to get notifications and to be able to submit home assignments.
Register to enroll now Login

Биоинформатика — это быстро растущий раздел computer science, благодаря которому биология в 21 веке переходит из раздела наук о жизни в вычислительные науки. Биоинформатики исследуют специфические алгоритмы и методы анализа больших объёмов данных, работая преимущественно с геномными и белковыми последовательностями. Благодаря биоинформатике учёные смогли прочитать геном человека, создать искусственную бактерию и вылечить некоторые виды рака.

В курсе будут даны базовые определения из биоинформатики и молекулярной биологии, которые понадобятся для понимания дальнейшего материала. Будет дан широкий обзор разделов биоинформатики с упором на методы чтения генома, а также на алгоритмы сравнения строк и алгоритмы неточного поиска подпоследовательностей в больших текстах.

Для желающих глубже изучить материал будут даны алгоритмические задачи с автоматизированной проверкой.

Предварительных знаний в биологии и биоинформатике не требуется.

Date and time Class|Name Venue|short Materials
09 September
13:35–15:05
Введение в биоинформатику. ДНК, мотивы, профили. Базовые алгоритмы поиска подстроки в строке, lecture Ул. Островского, д. 23 (Дом Сэлэт) No
09 September
15:20–16:50
Редакционное расстояние и выравнивание, белки, динамическое программирование. Попарное и множественное выравнивание. Выравнивание за линейную память, lecture Ул. Островского, д. 23 (Дом Сэлэт) No
10 September
13:35–15:05
Hidden Markov Models, поиск консервативных регионов (генов) в геноме, семейства белков, lecture Ул. Островского, д. 23 (Дом Сэлэт) No
10 September
15:20–16:50
Графы в биоинформатике. Сборка генома, сравнительная геномика, молекулярная эволюция, lecture Ул. Островского, д. 23 (Дом Сэлэт) No
11 September
13:35–15:05
Эффективные алгоритмы для поиска подстрок в строках. Хэши, Кнут-Моррис-Пратт, бор, Ахо-Корасик, суффиксные деревья и массивы, BWT, FM-index. Поиск с ошибками, lecture Ул. Островского, д. 23 (Дом Сэлэт) No
11 September
15:20–16:50
Principal component analysis и кластеризация. K-means и иерархическая кластеризация. Популяционная геномика, метагеномика, lecture Ул. Островского, д. 23 (Дом Сэлэт) No