Эффективные алгоритмы для поиска подстрок в строках. Хэши, Кнут-Моррис-Пратт, бор, Ахо-Корасик, суффиксные деревья и массивы, BWT, FM-index. Поиск с ошибками
The analysis of molecular sequences (algorithms in Bioinformatics)